蛋白质分子由称为氨基酸的亚单位组成。在体内的蛋白质中发现了二十种不同的氨基酸。九种是必需氨基酸，这意味着它们必须来自食物，其余 11 种是非必需氨基酸，因为身体可以在必要时制造它们。根据《高级体能评估和运动处方》，保持均衡饮食的健康个体不需要补充氨基酸；摄入大量氨基酸会带来严重的健康风险。
体重增加
一种氨基酸在被运送到肝脏后的命运很大程度上取决于当时身体的需要。平均个人的推荐蛋白质摄入量为每天每磅体重 0.8 克。任何短时间内没有使用的氨基酸都不能储存起来以备将来使用，而是会转化为葡萄糖并作为能量燃烧或转化为脂肪或糖原储存。由于美国人的平均饮食超过每日蛋白质需求量，因此不必要的氨基酸补充会导致体重增加。
运动员的危险
根据《高级体能评估和运动处方》，耐力运动员每天每磅体重需要 1.2 至 1.4 克蛋白质；力量训练运动员需要1.6至1.8克。这些要求很容易通过饮食来满足。补充氨基酸可能会增加脱水的风险，从而对运动员产生不利影响，因为需要额外的水来清除体内蛋白质代谢的副产物。此外，补充氨基酸会使运动员难以摄入足够的碳水化合物来确保肌肉中的糖原充足。
氨基酸失衡
服用单一氨基酸补充剂会导致失衡，从而干扰食物衍生氨基酸的正常吸收。某些氨基酸组竞争载体将它们运送穿过肠壁进入血流。当摄入氨基酸补充剂时，它会使运输载体充满该特定氨基酸，这可能导致其他氨基酸不能被适当量吸收。
肾功能
处理过量的蛋白质会使受疾病损害的肝脏和肾脏负担过重。患有肾脏或肝脏疾病的人经常被安排在蛋白质限制的饮食中。根据“全面营养：您永远需要的唯一指南”，终生吃高蛋白饮食可能是导致肾功能轻微下降的原因，而肾功能通常会随着年龄的增长而发生。但是，这种联系仍在调查中。
骨质疏松
添加已去除磷酸盐的纯化蛋白质补充剂和氨基酸混合物可能会增加肾脏对钙的排泄。发表在《美国临床营养学杂志》上的一项研究发现，过量蛋白质摄入是钙流失的重要危险因素。长期摄入过量蛋白质会降低钙的吸收，导致骨吸收，导致骨质疏松。
