这篇文章的第 1 部分：我最近向 uBiome 提交了一个粪便样本，您可以在此处阅读更多信息。
一旦你得到你的第一个 uBiome 结果，我建议在 uBiome 仪表板中选择“下载分类”链接，然后将弹出的页面保存到你的计算机上，确保它的文件以 .json 结尾。这会将 uBiome 数据放入电子表格中，这样比仅在 uBiome 仪表板中更容易操作。
然后，您可以按照 Richard Sprague 的教程 https://blog.richardsprague.com/2015/01/how-to-analyze-ubiome-sample-in-excel.html 来帮助您进一步分析数据。
我绝不是肠道微生物组方面的专家，我们还不知道很多东西，能够使用 uBiome 技术对你的肠道细菌进行采样是非常新鲜的。结果并非 100% 准确，不能用作诊断工具，只能提供有关正在发生的事情的线索。如果您有特定的健康问题想查明真相，您可以进行更全面的粪便分析测试，例如日内瓦诊断测试。 uBiome 更有趣！
首先要注意的是，大多数肠道微生物物种属于四大门：革兰氏阴性拟杆菌门 和变形菌 和革兰氏阳性Firmicutes 和放线菌 .因此，期望看到这四种细菌构成了您的样本结果的大部分。拟杆菌门和厚壁菌门将占每个人样本的大部分；这些是每个人的正常肠道细菌。
我的结果
- 拟杆菌属 58.61% –（其中 53% 属于一个属 – 普氏菌属。我匹配布基纳法索的孩子！）
- 变形菌 3.20%
- Firmicutes 35.27% –（其中 95% 是梭菌）
- 放线菌 0.35%
与他人比较
兴趣点：
- 我的拟杆菌门与厚壁菌门的比例几乎与任何其他组都不同，但与其他古节食者最相似。包括“所有样本”组在内的所有其他组的厚壁菌门比拟杆菌门和古节食者的数量大致相等。请参阅下面的说明。
- 除了重度饮酒者（与 uBiome 的平均值相比，他们的比例很大）之外，我的变形菌群比其他任何群体都高。变形菌门包括大肠杆菌、沙门氏菌、弧菌和螺杆菌等坏人的名人录——这不是一件好事。然而，我的样本没有显示任何这些特定的病原体，考虑到我怀孕了，我并不太担心数量过多，一项针对肠道微生物群的研究（见下文注释）发现，大多数女性的变形菌第三个三个月。我计划在我生完孩子之后再做一次 uBiome 测试。
- 与其他所有群体相比，我的放线菌（包括“好”细菌，例如双歧杆菌）的含量较低，但其他古节食者的平均数量甚至更低。这是与怀孕有关还是与低纤维饮食有关？谁知道？
厚壁菌与拟杆菌的比例 （F/B 比率）
两组有益细菌在人体肠道中占主导地位，即拟杆菌门和厚壁菌门。 2006 年发表在《自然》杂志上的一项研究表明，与瘦人相比，肥胖人群中拟杆菌的相对比例降低（肥胖人群的厚壁菌门较多，而拟杆菌门较少），而拟杆菌门的比例随着体重的减轻而增加（其他研究发现一样）。如果你发现你的厚壁菌门比拟杆菌门多，你可能会发现减肥和减肥比其他人更难。
我一直很苗条，从来没有任何体重问题（我的体重在 8 到 8 1/2 石头（112-119 磅）之间，所以我发现看到我的比例符合预期很有趣——即我有更多的拟杆菌和更少的厚壁菌门。但是，我的比例与任何其他组完全不同。我不知道这是否有任何意义，也有研究发现该比例与肥胖之间没有相关性。
三种肠道生态系统之一
肠道肠型的存在仍然是一个有争议的问题。但是，以下摘自维基百科的解释：
“一种肠型 是根据肠道微生物组中的细菌生态系统对活生物体进行的分类。 Peer Bork 及其同事在 2011 年 4 月的 Nature 杂志上宣布了三种人类肠型的发现。他们发现肠型不受年龄、性别、体重或国家划分的影响。有迹象表明长期饮食会影响肠型。
- 1 型的特点是拟杆菌含量高
- 2 型拟杆菌很少，但普氏菌很常见
- 3 型具有高水平的瘤胃球菌
在对布基纳法索（非洲）儿童肠道细菌的研究中，普氏菌占肠道细菌的 53%，但在年龄匹配的欧洲儿童中不存在。
研究还表明，长期饮食与肠道微生物群组成密切相关——那些吃大量蛋白质和动物脂肪的西方饮食典型的主要是拟杆菌属细菌，而对于那些摄入更多碳水化合物，尤其是纤维的人来说，普雷沃氏菌占主导地位。”
如果我不得不预测什么会在我的肠道中占主导地位，我会说拟杆菌属，因为我一生大部分时间都在吃典型的西方饮食，而且我一直吃大量的肉、鱼、蛋和动物脂肪。在过去的两年里，我吃的主要是古式饮食，富含所有这些食物。在发现古之前的好几年里，我按照阿特金斯饮食的方式吃低碳水化合物饮食。所以我觉得奇怪的是，我的肠道被普氏菌所支配，根据 uBiome 的说法，它在“素食者、非西方人以及其他饮食富含碳水化合物、蛋白质和动物脂肪含量低的人的肠道中更为常见”。我确实吃很多植物性食物和肉类，每天大概吃 8-10 份水果和蔬菜，所以这也许可以解释为什么普雷沃氏菌占主导地位。
多样性
虽然整个微生物群可能成员的池子很大（超过 1000 种），但发现在任何特定个体中占主导地位的数量要少得多，即 150 到 170 种。一般来说，在科学文献中，生物的高度多样性与相对良好的健康状态有关，而低多样性与疾病状态或慢性功能障碍有关。使用 MG-Rast 并在 Tim Steele 的慷慨帮助下（查看他的博客，这是一个很棒的信息来源），我计算出这个样本的多样性分数 14.67，这是低 .根据蒂姆的说法，“通常对于吃大量纤维，尤其是抗性淀粉的人来说，多样性将在 30-50 范围内。较少的多样性通常与肠道菌群失调和缺乏纤维的饮食有关。” （但目前我并不担心这一点——请参阅下面关于怀孕的说明）。如果您想使用 MG-Rast 分析您自己的 uBiome 结果，那么 Tim 在他的博客上创建了一个教程，您可以在此处找到该教程。
孕期微生物组变化
当我采集这个样本时，我怀孕了大约 24 周。这项研究观察了妊娠早期和晚期孕妇的肠道微生物群，并得出了一些有趣的发现：
“肠道微生物群从孕早期 (T1) 到孕晚期 (T3) 发生了巨大变化，母亲之间的多样性大幅增加，变形菌和放线菌总体增加，丰富度降低。”
“我们描述了在怀孕过程中肠道微生物群的戏剧性重塑。妊娠前三个月的肠道微生物群彼此相似，与正常健康对照的肠道菌群相当，但在妊娠过程中系统发育组成和结构发生了显着变化。到妊娠晚期，尽管受试者内的多样性降低了，但受试者间的多样性已大大扩大，并且在大多数 T3 样本中观察到变形菌和放线菌的富集。此外，与健康相关的细菌数量也会受到影响。例如，粪杆菌 ，它是一种具有抗炎作用的丁酸盐产生物，在炎症性肠病中被耗尽（Sokol 等人，2008），在 T3 中的平均含量较低。到了妊娠晚期，每个女性的微生物群都出现了无法从 T1 成分预测的方式出现差异，并且与健康状况或我们的饮食记录无关。尽管如此，在大多数女性中，从 T1 到 T3 的转变包括 Proteobacteria 丰度的增加，这已被反复观察到与炎症相关的生态失调（Mukhopadhya et al., 2012）。”
“总而言之，我们已经证明怀孕与肠道微生物群的深刻改变有关。孕早期的肠道微生物群在许多方面与健康的未怀孕男性和女性对照相似，但到了孕晚期，群落的结构和组成类似于与疾病相关的失调，但在女性中是不同的。导致微生物群改变的潜在机制仍有待阐明，但我们推测粘膜表面免疫系统的变化，特别是微生物群的变化，尽管激素变化也可能很重要。
生态失调、炎症和体重增加是代谢综合征的特征，这会增加非妊娠个体患 2 型糖尿病的风险。这些相同的变化对正常妊娠至关重要，它们可能非常有益，因为它们促进脂肪组织中的能量储存并为胎儿的生长提供支持。”
这意味着我可能无法深入了解该样本的结果，尤其是多样性得分或变形杆菌的水平。我计划在婴儿出生几周后再取一个样本，这样我就可以看到当时的照片是什么样子了。
缺少微生物——意义何在？
- 我完全错过了 Verrucomicrobia 门，因此也错过了 Akkermansia 属 .该属包含一个革兰氏阴性菌（Akkermansia muciniphilia）。最近进行的研究表明，肠道中的嗜粘液阿克曼氏菌可能会介导肥胖、糖尿病和炎症，并且是一种重要的细菌。
- 总体放线菌含量低，未检测到双歧杆菌 .双歧杆菌被认为是非常有益的，然而，最近在肠道守护者播客上听 Tim Spector 说，虽然双歧杆菌的存在被视为西方人健康的标志，但许多非西方人没有双歧杆菌，这是对他们来说没有问题。
- 检测到低含量的克里斯滕森菌，未检测到克里斯滕森菌 完全检测到。
- 低乳酸菌 检测到。
- Grace Liu 提出的“祖先核心”的其他成员（在物种层面）在我的样本中未检测到Roseburia gutis、Eubacteria rectale、Bacteroides vulgatus、Alistipes putredinis .存在的物种是 Faecallibacterium prausnitzii 和布氏瘤胃球菌 . 玫瑰花 在属水平上检测到。
由于我不是这方面的专家，我真的不知道这些缺失细菌的重要性（如果有的话），或者如果我在怀孕后做另一个样本，情况会有所不同。我将于 2015 年 9 月 24 日参加与 Grace Liu (www.thegutinstitute.com) 和 Chris Kelly (www.nourishbalancethrive.com) 的网络研讨会，所以也许在那之后我会有更多的见解！
样本中的病原体
如果水平很高，您的 uBiome 样本中存在病原体可能会引起关注。一般来说，无病原体的肠道将是一件好事。我的样本包含两个致病物种：
- 普氏菌 - 2.4%
- 阪崎克罗诺杆菌 2.35%
我不知道这些水平是否被认为很高，或者它们是否值得关注。在我的样本中似乎没有任何更熟悉的致病物种，例如大肠杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌或幽门螺杆菌。肠道中可能存在不会引起任何问题的病原菌，并且可能只有在使用抗生素之后，这些病原体才会大量繁殖并引起问题。
您可以做些什么来改善您的肠道微生物群概况？
为了促进和维持有益的细菌共生体，请考虑添加益生菌（活细菌）、增加饮食中的纤维含量和/或益生元补充剂（支持本地微生物群的产品）。
益生菌
- 乳酸杆菌
- 双歧杆菌
- 土壤中的生物
我相信现在市场上最好的益生菌之一（也是英国制造的）是 Elixa-Probiotic，它含有非常高强度的 9 种乳酸杆菌和双歧杆菌菌株。 Tommy Wood 和我最近与 Elixa 的创始人 Karl Seddon 录制了 Eat Better Podcast 的一集，你可以在这里收听。
增加饮食中的纤维含量
益生元
- 洋车前子
- β-葡聚糖（燕麦麸）
- 低聚果糖（雪莲果）
- 半乳寡糖（Bimuno）
- 菊粉（菊苣根粉）
- 阿拉伯半乳聚糖
- 金合欢（希瑟的腹部纤维）
植物药
植物产品（小檗碱、印楝等）也可用于减少或调节肠道细菌。有关这方面的更多信息，请阅读 Grace Liu 的博客。
阅读我的高纤维古实验，并在我将后续样本发送到 uBiome 后继续关注更新。
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